我国未成年人刑事案件诉讼程序除了遵守我国《刑事诉讼法》对于所有刑事案件的基本原则外，还有其独特的原则。
(1)不公开审理原则
我国《刑事诉讼法》及其相关司法解释都规定了对于未成年人刑事诉讼程序的不公开审理原则。不公开审理原则相对于普通刑事案件公开审理是个例外，这样规定的原因是未成年人的生理、心理发育存在不成熟和缺陷，未成年人是祖国的未来，要尽可能帮助犯罪的未成年人在以后的生活中正常回归社会，在良好的环境下改正其错误。不公开审理原则是未成年人刑事案件诉讼程序相对于成年人刑事案件诉讼程序的最大区别，这在世界各国的立法和相关国际条约中都得到了体现。
(2)寓教于审原则(教育、感化、挽救方针)
寓教于审原则也有学者称之为教育、感化、挽救方针，该原则是指法院在审理未成年人刑事案件的整个过程中，应当重视对未成年人的教育和感化，最重要的是对未成年人的挽救和帮助其改过自新、重新做人，早日回归正常的生活。对于未成年人刑事案件的审理，除了追究其刑事责任外，更重要的是要对未成年人进行教育和感化。该原则在2012年《刑事诉讼法》中做了进一步的规定，该原则考虑到未成年人因为其不成熟、身心发展不健全，因此教育便成了未成年人刑事案件最重要的方针和原则。该原则还要求，司法机关在办理未成年人刑事案件的过程中，应当充分保护未成年人在刑事诉讼中的权利，使寓教于审的原则贯穿于未成年人刑事诉讼的始终。2012年《刑事诉讼法》对于该原则的规定，使2012年之前分散于其他法律的规定得到了确立，使该原则在实践中更好操作，更有利于对未成年人的保护。
(3)迅速简约原则
迅速简约原则指人民法院对于未成年人刑事案件的审判应该迅速进行，使未成年被告人的刑事诉讼程序能够尽早结束，使其在诉讼中受到的不利影响降到最低。这一原则同样考虑到了未成年人的不成熟和身心发展不健全，未成年人在成长的过程中非常容易受到各方面的影响，坏的方面尤其如此，因此，要尽可能的减少刑事案件诉讼程序对于未成年人的不利影响必须做到迅速、简约。因此笔者认为，在对未成年人进行审判的过程中，如果犯罪比较轻微并且未成年人认罪的案件中，可以采用简易程序，使法庭审理能够尽快结束，最大可能的减少刑事诉讼案件对于未成年人的影响。世界上的其他国家也普遍的采用了简易程序，这符合联合国对于未成年人司法程序的精神。
(4)全面调查原则
全面调查原则指人民法院在审理未成年人刑事案件的过程中，除了像普通刑事案件需要审理未成年人的犯罪事实外，还要调查与未成年人犯罪原因相关的其他因素，从各个方面有针对性的对未成年人的刑事案件进行审理，要获取未成年人的生长经历、家庭情况、教育背景、身心是否健康等因素，便于司法工作人员对未成年人进行教育、感化和挽救，这是未成年人刑事案件诉讼程序非常重要的一个原则。英国设置专门的缓刑官负责未成年人刑事案件的调查;欧洲的大部分国家则是由缓刑局担任这份工作;我国2012年《刑事诉讼法》对于该项原则也进行了规定。主要包含以下内容：第一，公安机关、检察院和法院负责对未成年人的社会调查;第二，未成年人刑事案件的社会调查不是必须进行的，《刑事诉讼法》规定为“可以”;第三，社会调查制度要求司法机关在办理未成年人刑事案件时，除了需要查清案件事实外，还需要调查未成年人的生长经历、家庭情况、教育背景、身心是否健康等，在特别需要的时候，还可以进行特别的司法鉴定。该项原则的规定，是有利于司法机关掌握未成年人的心理，更好的使其认错改错，根据每个未成年人的身心特征采取不同的方式，这就是全面调查原则最重要的意义。
(5)分案处理原则
分案处理原则指司法机关在办理未成年人刑事诉讼案件时，应当把未成年人刑事案件和成年人刑事案件分别办理，程序分别进行，未成年人和成年人要分开关押，分开审判。目的在于对未成年人进行保护，防止被交叉感染，另一个目的则是对未成年人的待遇区别于成年人。分案处理原则最根本的要求是对于未成年人刑事诉讼程序的专业化和专门化。